なぜか住民が誰も市外へ出ようとしない「天野原市」。それに疑念を抱いた少年・遠野冬輝は、外部への脱出を試みるも、市境にて警備兵に捕らえられてしまう。連行された先で冬輝は、人類がウィルス生命体「ネメシス」との戦いの渦中にあること、市外はすでにウィルスに汚染されていることを知る。敵に対抗できるのは、ネメシスに感染しない「インフィニタス適合者」のみ。素質を見出された冬輝は、適合者の少年少女を集めて戦士として教育する施設「朝日ヶ丘学園」に転入させられる―。