終わる世界を救うための『ニル計画』―その被検体の少女・ニルと再会し、記憶を取り戻したマガミ。彼らは白クジラとの戦いで大破した飛行艇の代わりを求めて、飛行都市・バラカジャへと向かった。バラカジャは、地表を覆う有害物質・灰化層の下に埋もれた旧時代の遺物を有効活用するため、空に引き上げることを専業としている。ニルも新たな飛行艇の引き上げ作業に加わるが、突如地上から攻撃を受けてマガミとともに灰化層の底へと落下してしまう。そこで二人が目にした、隠された世界の真実とは―？「帰ろう、マガミ。僕たちの空へ」これは、終わる世界に抗う少女と未来を拓く物語。