ダイナゼノン、グリッドナイト、ゴルドバーン、全員の力を合わせた超合体竜王・カイゼルグリッドナイトは、その圧倒的な力で強敵怪獣・ギブゾーグを撃破。束の間の平和が訪れる。だが、その裏では不穏な何かが胎動を始めていた―。ある日の朝、麻中蓬がガウマと出会うと、彼は何故か蓬の名前を覚えておらず、まるで初対面かのような素振りを見せる。そして、南夢芽もまた蓬と初めて会話した時と同じ言葉を繰り返した。蓬は自分がタイムスリップでもしてしまったのではないかと混乱する。その直後、全く未知の怪獣が街に出現。戸惑いながらも再びダイナゼノンに搭乗し、戦いを繰り広げる蓬だったが、その時彼は、見たことのない色をした謎のダイナソルジャーを手にしていることに気付く。それは、不可思議な日常とさらなる死闘の幕開けだった。