“神”の差配により、罪を犯した者は身体の一部を変異・異形化させられてしまう世界。生まれながらに身体に変異をもつ“原罪種”として、罪人を捕らえ裁く治安維持の職に就く主人公ヨシュアは、みなし子の女の子カナンと共同生活を始める。しかしこれをきっかけに、ヨシュアは避けがたい運命の波に呑み込まれていく―。数年後、成長したカナンは王政打倒を掲げる革命軍に所属することに。革命軍を率いる女性ノアとカナンの友情とその蹉跌、そして暴かれる“神”の真実。非情な運命に翻弄されながらも革命に起ち上がった人間たちの戦いは、壮絶なクライマックスへと向かう…！！