人々に認められ、感謝され、頼りにされたくて高校教師となった青年・助は、みんなから好かれる人気者の先生として毎日を楽しく過ごしていた。ある日助は、異世界最強の魔女・レクラハによる事故に巻き込まれ、助の身体とレクラハの身体を行き来する体質になってしまう。中身は自分一人のまま、２つの身体を持ってしまった助は、魔法が使えるレクラハの身体を使って、学校の先生と街のヒーローの二重生活を始めることにした。だが助は、後日驚愕の事実を知る――なんとレクラハの身体は“人々から恐れ嫌われる”ことでしか魔力を貯められない身体だった！　魔法を使ってみんなから感謝されたいのに、嫌われないと魔力が貯まらないという矛盾した状況に頭を抱える助。そこへ、異世界から次々とレクラハを追って魔女たちがやってきて……？

人々に感謝され、頼りにされたくて高校教師となった青年・助。ある日彼は、災いをもたらす魔女・レクラハによる事故に巻き込まれ、何故か彼女の身体を手に入れてしまう。そして中身は自分一人のまま、２つの身体を行き来して学校教師と魔女の二重生活を送ることに。そんな状況に助は、これなら魔法で人助けができる！と喜ぶが―なんとレクラハの身体は“人々から恐れ嫌われる”ことが魔力の源だった！自分の望みとは相反する、矛盾した状況に頭を抱える助。そこへ、異世界から次々とレクラハを追って魔女たちがやってきて…？好かれ嫌われ大忙しな学園魔女コメディ、開幕！