人類滅亡の危機アビス・インシデントから約半月。虚数兵器デイブレイクを用いて事件を解決した少年タカヤは、同じデイブレイク使いの愛華や美帆、姉の汐葉たちとともに、表向きは普通の高校生として暮らしていた。だがふたたび、機械仕掛けの悪魔メカニクスによる予期せぬ襲来が起きる。武器を取って戦うタカヤたち。しかし、タカヤはメカニクスの自暴に巻き込まれてしまう。そしてタカヤが目覚めたのは―十年前の東京だった。そこでタカヤはオリジナルの愛華と出会う。彼の知っている愛華とは違った表情を見せる彼女に、振り回されるタカヤ。だが、彼女が死亡することになっている、メカニクスによる第一次侵略まで、残された時間はあと三日で―…（続く）