内容紹介：地球のミュータントたちは、人類の遺伝子がミューテーション（突然変異）したことで生まれた。やがて彼らは、死から復活する技術をも体得する。一方でエターナルズには、地球の生物の理から逸脱する者を排除するという使命がある。エターナルズの宗主がミュータントを「逸脱者」とみなして全滅をさせようとしたことで、Ｘ－ＭＥＮとエターナルズは戦争状態に陥った。そんななか、〈始祖〉なる超越的存在が現れ、ミュータントを含む地球上の全生命に「最後の審判」を下すと宣言。Ｘ－ＭＥＮのメンバーに下される審判やいかに！？
超人種族エターナルズが、地球のミュータントを根絶やしにするべく攻撃を開始した！大規模な抗争が始まり、Ｘ‐ＭＥＮはエターナルズの生物兵器「ヘックス」と死闘を繰り広げる。さらにアベンジャーズが介入したことで、事態は複雑化。地球に“始祖”が降臨し、Ｘ‐ＭＥＮのメンバーたちはそれぞれの「審判の日」を迎えることとなるが…！？ミュータントと全人類の生き残りをかけた戦いが始まる！