１年後の地球破壊を宣言するも、なぜか落ちこぼれクラス３年Ｅ組の担任となった、殺せんせー。３年Ｅ組の生徒たちは地球を救うため、マッハ２０の超速度で動き回るその生物の暗殺を政府から託されているのであった。２学期を迎え、残された暗殺の時間もあと半年。そんな彼らの前に一人の暗殺者が正体を現す。果たして彼らは無事に卒業を迎えることができるのか…。
★特典ディスク映像特典　☆400分超えの超豪華版
◇メイキング映像集
　クランクインからクランクアップまで撮影の裏側に完全密着。秘蔵映像満載！
◇3年E組生徒インタビュー集
　椚ヶ丘中学校3年E組生徒を演じたフレッシュなキャストたちの素顔に迫る貴重なインタビュー集。
◇ロールナンバー集
　羽住組では、おなじみのロールナンバー集！本編エンドロールよりボリューム満点！！
◇イベント・舞台挨拶映像集
　豪華キャストが集結した製作報告記者会見、公開直前！学生限定祝・卒業イベント、
　公開記念舞台挨拶、大ヒット御礼舞台挨拶等、イベントの模様を収録！
◇公開記念特番「山田涼介＆菅田将暉の社会科見学殺せんせー誕生の秘密に迫る！」
　山田涼介と菅田将暉が「暗殺教室」生みの親・松井優征の仕事場に突撃！
　「暗殺教室」と殺せんせーの誕生秘話を徹底究明します！
◇公開記念特番「涙の卒業までの裏側に密着！豪華メイキングSP」
　劇場公開時に放送されたメイキング特番。涙なくしては見られない！？
◇本編ビジュアルコメンタリー
　主演・山田涼介×監督・羽住英一郎が、卒業編の撮影秘話を語り尽くす
　ファン必見のビジュアルコメンタリー！

★本編ディスク映像特典
◇予告編集（特報／予告／TVスポット）