動物型ロボット「アニマロイド」が平和に暮らす、天下の城下町エドロポリス。だが、太平の世を脅かす、悪のカラス忍者軍団の行動隊長・カラ丸率いるカラカラ一族が活動を開始した。その動きを察知した大目付の犬山ワンコー守は、ヤッ太郎、スカシー、プルルンたち正義のネコ忍者チーム秘密忍者隊ニャンキーに出動命令を下す。彼らは普段ピザ屋の店員として働いているが、ひとたび事件が起きると町の平和のため悪に立ち向かうのだ。
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