突然変異で人間並みの大きさに巨大化した４匹のカメ、レオナルド、ラファエル、ミケランジェロ、ドナテロはニューヨークの下水道で暮らしていた。その頃、ニューヨークでは窃盗や強盗が頻発。人気ＴＶキャスターのエイプリルが取材中に襲われ、彼女の危機を救ったのは４匹のカメたちだった。犯罪組織はフット団という忍者軍団だと判明。カメたちはエイプリルと協力、正義感の強いケイシーも加わって、悪の組織に立ち向かう…！
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