突然変異で巨大化した４匹のカメ、レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテルロは悪の忍者軍団フット団を壊滅に追い込んだが、ボスのシュレッダーと副官のタツは生き残り、逆襲の機会をうかがっていた。シュレッダーはタートルズたちの突然変異の原因が化学廃棄物にあると知り、専門家ペリー教授を誘拐してミュータント・モンスターを作り、タートルズと戦わせようとする…。『ミュータント・タートルズ』シリーズ第２作。
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