美人ＴＶキャスター、エイプリルは骨董店で手に入れた奇妙な笏の不思議な力でタイム・スリップする。１６０３年、戦国時代の日本にたどり着くと大名の憲長に牢にいれられ、一方、憲長の息子の謙信はエイプリルと入れ替わりに現代のニューヨークにタイム・スリップしていた。タートルズたちはエイプリルを救出するため、タイム・トラベルをして日本の戦国時代に向かうが…。『ミュータント・タートルズ』シリーズ第３作。
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